Ancora fanciullo seguì il padre Guglielmo dei Bonacci, facoltoso mercante pisano, a Bugia (attuale Bejaia, Algeri), dove era publicus scriba pro pisanis mercatoribus. Qui ebbe precoci contatti con il mondo dei mercanti e tecniche matematiche sconosciute in Occidente. Molto dovette alle opere di al-Khwarizmi, Abu Kamil e ai maestri arabi, senza però essere mero diffusore della loro opera. Ritornato in Italia, fu tra i matematici accolti presso Federico II. A lui si devono il Liber abaci e la Practica geometriae (con l'applicazione dell'algebra alla soluzione di problemi geometrici); il Liber quadratorum; l'Epistola ad magistrum Theodorum e il Flos super solutionibus quorundam questionum ad numerosum vel ad geometriam vel ad utrumque pertinentium dedicata a Raniero Capacci, cardinal diacono.