Seminterrato
L'area del piano seminterrato, ristrutturata ed ampliata grazie ad imponenti interventi edilizi, presenta spazi di impiego flessibile, destinati alle attività di ricerca e divulgazione: convegni, seminari, mostre temporanee, eventi culturali, ecc.
Piano Terreno
Oltre all'area di accoglienza e alla biglietteria, il piano terreno ospita la prima e le ultime tre sale del percorso museale, due ampi locali dedicati ad attività di laboratorio e di animazione, i laboratori di restauro e fotografico e l'ufficio per la gestione dell'hardware e della rete informatica.
Piano Primo
Nel primo piano si sviluppa l'esposizione permanente degli strumenti matematici ed astronomici di grandi artefici italiani e stranieri collezionati dai diversi esponenti del Casato dei Medici.
Piano Secondo
Al secondo piano prosegue l'esposizione museale permanente che presenta gli apparati lorenesi, originariamente esposti, a partire dal 1775, nel Museo di Fisica e Storia Naturale, fondato dal Granduca Pietro Leopoldo di Lorena.
Piano Terzo
Il terzo piano ospita la Mediateca - Biblioteca di ricerca, la Direzione e gli uffici.
Piano Quarto
Il quarto piano è occupato dai depositi di volumi della Biblioteca e da postazioni di lavoro per i collaboratori dell'Istituto.
Spazi esterni
Oltre ai locali della sede di Palazzo Castellani, l'IMSS dispone di spazi esterni che ospitano il Laboratorio Multimediale, collezioni librarie, le collezioni museali non in esposizione, le pubblicazioni, ecc.
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