Dedicatosi al diritto e alla medicina, si stabilì a Napoli dove, in contatto con Tommaso Cornelio e con i migliori ingegni dell'Accademia degli Investiganti, si dedicò alla scienza sulla scia del galileismo, del cartesianesimo e dello sperimentalismo dei filosofi e degli scienziati moderni. Nel 1681 pubblicò il Parere, sostenendo le idee di chi opponeva la ricerca medica e scientifica al sapere della tradizione. Contro l'opera di Di Capua si schierò il gesuita De Benedictis, difensore di Aristotele e avverso all'atomismo e alle nuove idee dei giovani studiosi napoletani.