Studiò a Roma e a Ferrara. Trasferitosi a Venezia, nel 1494, iniziò la sua attività di tipografo ed editore di opere in greco e latino. Fra il 1495 ed 1498 pubblicò l'opera di Aristotele in 5 volumi. Nel 1499 stampò il Polifilo del domenicano Francesco Colonna, uno dei volumi più pregiati (non solo per le illustrazioni) dell'umanesimo italiano. Nel 1500 dette l'avvio ad una collana di libri (di dimensioni e prezzo ridotti) in cui per la prima volta venne utilizzato il carattere corsivo. I caratteri utilizzati erano detti aldini e assomigliavano alle lettere dei manoscritti greci da cui i libri a stampa erano copiati. Dai caratteri trasse il nome l'Accademia Aldina, che Manuzio fondò per accogliere numerosi artisti e studiosi fuggiti da Bisanzio e rifugiatisi a Venezia.